第一，两者需要达到不同的处理水平。灭菌仅仅需要杀死或清除致病微生物，这样它的数量就可以减少人类再发病。杀菌不仅需要杀灭或清除致病微生物，而且要求将所有的微生物全部杀死或/和清除，包括非致病的微生物。二是选择两种处理方法不同。杀菌比消毒要求高，处理难度大。杀菌时，必须选择物理方法或化学灭菌剂，它们能够杀死抵抗力最强的微生物(细菌芽孢)，消毒时只需选择物理方法、化学消毒剂或生物消毒剂，具有一定的杀菌效果。使用灭菌处理方法消毒不仅对杀鸡用牛刀没有必要，而且还会产生本可不发生的副作用；如果将消毒处理方法用于灭菌，则可能导致灭菌失败。
