感谢邀请！我来回答一下吧，三代火影称为历代最强火影的设定是《火影忍者》中前期的设定，并不能放到整个剧情中来分析的，当时作者岸本齐史都没有考虑到后面的设定，导致三代火影的实力有些夸大了，但即便如此，三代火影的实力也是影级的。
再来看大蛇丸的实力，木叶村传说中的三忍之一，大蛇丸也达到了影级实力，而大蛇丸又是三代火影的徒弟，按照两个人全盛时期的战斗力，大蛇丸是不及三代火影的，但三代火影最终还是死在大蛇丸的手里，那么三代火影为什么会输呢？整体来说，我总结了三个方面。
剧情的需要首先最主要的原因是剧情的需要，大蛇丸是《火影忍者》中第一个BOSS，以三代火影的死为结束点，三代火影死后，木叶村火影的位置就空缺了，之后剧情的走向发展到寻找另外一位传说中三忍之一的纲手，如果三代火影没死或者大蛇丸没受到重伤，自来也不会去邀请纲手当火影，大蛇丸也不会去找纲手治疗双手，如此一来，只要少了其中一种，三忍便无法相见，后续的剧情也无法展开了。
年龄的问题 第二个原因是年龄的问题，当年大蛇丸攻击木叶村的时候，三代火影已经69岁了，即将进入古希之年，三代火影已经老了，身体各方面能力削弱了很多，对比三代火影的巅峰实力，三代火影的战斗力下滑严重，体力也大不如前。而大蛇丸的年龄只有50多点，这只是表面，由于大蛇丸会不尸转生，把精神转移到别人的身体中，藉此得到永生。大蛇丸转移的人都是非常年轻的，因此，大蛇丸转移后的年龄很年轻，身体非常有活力，三代火影秒杀不了大蛇丸，那么大蛇丸只需打持久战，打败年迈的三代火影只是时间问题，三代火影必败。
秽土转生的原因秽土转生是第三个原因，大蛇丸曾经说过，如果自己面对巅峰时期的三代火影，有可能直接被秒杀。在大战的时候，大蛇丸即便面对年迈的三代火影，心里还是比较畏惧的，从大蛇丸召唤出初代火影千手柱间和二代火影，还有一个被三代火影拦截成功的四代火影就可以看出，大蛇丸没有自信能够获胜，找了秽土转生的初代火影和二代火影协同作战，最终才勉强打败三代火影，如果大蛇丸没有使用秽土转生，我觉得当时大蛇丸单挑是打不过三代火影的。
