机兽起源遥远的未来 因为突然的地轴变动 这个前所未有的地轴变动，灾害侵袭了大地 都市被海水淹没，南方的岛屿变成了极地 海底变成了高山，平原产生了巨大的裂逢 睡眠火山也开始喷火，天空总是被灰色笼罩 在这场大灾难面前，人们束手无策 行星ZI上人们辛辛苦苦建立的文明毁于一旦 数千年过去了。人类并没有灭亡。 这场灾难幸存下来的人们的后代，在各地建立起了新的文明 都市间的渐渐开始了交流 曾经的大灾难，现在称之"神的愤怒"成为了神话 但能证明这不单纯是虚构的神话的证据有两个 各地残留的，现在仍在运作着的巨大的设施"杰尼列塔"。 还有大变动前就存在着的，也就是现在从各地发掘出的，仍活动着的 机械生物ZOIDS... 这个故事，是不屈于帝加鲁特武国英勇战斗的勇士们的故事，是编织勇气 信赖 友情 热血的传说 Zi行星上有一个叫帝加鲁特的国家在十多年前与天空之都订立条约，取得天空之都的科技生产机兽，开始变得强大，积极侵略其它地方。故事主角路吉住在米罗特村，村民从水中打捞出一只机兽村雨狮虎。不久帝加鲁特的机兽前来袭击该村，路吉成功操控村雨狮虎去对抗袭击者。虽然帝加鲁特军被击退，可是村民依赖的杰尼列塔被破坏。为了村庄可以继续存在，路吉与拥有机兽的拉·坎和蕾·弥离开村庄，到处找寻懂得修理发电机的技师。 路吉在寻找发电机技师的旅途上遇到柯特娜、卡拉卡等同伴，也目睹了更多帝加鲁特的暴行。后来路吉明白即使找到懂得修理发电机的人，只要帝加鲁特还存在，米罗特村就不会有安宁。路吉因此主张以打倒帝加鲁特为首要目标，众人由被帝加鲁特夺去国土的前领主金领导，号召各地反帝加鲁特志士加入他们，组成帝加鲁特讨伐军，展开全面抗争。 天空之都是为了取得红色凝胶而跟帝加鲁特交易，同时采取了一些措施防止帝加鲁特对己方构成威胁，却料不到他们派遣到帝加鲁特的人竟然会背叛天空之都。
