嵌合体囊胚是指胚胎包含两种及两种以上不同染色体成分的细胞，是分裂中染色体分离错误而导致。移植嵌合体囊胚，可能不会出现囊胚发育异常，也可能会出现胚胎发育异常，会导致流产或胎儿娩出后异常。
嵌合体囊胚是染色体出现异常的囊胚，可能部分嵌合体囊胚在后续发育过程中，异常的细胞较少，仅存在于将来可能发育为胎盘的细胞中，而发育为胎儿的细胞染色体正常。此时胚胎可能会持续发育成为一个正常健全的胎儿，并被顺利娩出。如果异常的细胞有少数存在于未来发育成为胎儿的细胞中，异常的细胞可能会导致胎儿染色体异常，后续可能不能继续发育出现流产，或出现胎儿畸形的情况。
嵌合体囊胚移植存在多种可能性，嵌合体程度越高，导致囊胚移植后出现异常的可能性越大，建议有移植要求的人群，在医生的指导下进行慎重选择。
