上清丸和牛黄上清丸主要是从其成分，主治功能以及药效侧重、临床反应的方面来进行区别。 上清丸内共含12味中药材，而牛黄上清丸则含19味中药材。此外，上清丸中含有菊花和防风两味中药材，能够清热解毒，祛风驱寒，多味重要和用有解毒通便，清热散风的功效。而牛黄上清丸则含有人工牛黄、黄连、菊花、当归、赤芍、地黄、石膏、甘草、冰片等九味中药，多药共用有散风止痛，清热泻火的功能。从主治功能上来说，上清丸主要是解毒、清热散风、通便的功能，用于针对牙龈肿痛，大便秘结，头晕耳鸣等症状。而牛黄上清丸则主要是清热泻火、散风止痛的功能，用于针对内盛热毒、大便燥结、目赤耳鸣等症状。从临床医治，药效侧重上来看，上清丸的散风清热的效果比较强，适用于伤风感冒等。而牛黄上清丸则是清热解毒、凉血的效果比较强，适用于消炎止痛和调理血分等。
