“草木皆兵”的故事概括如下：
东晋时期，北方的前秦政权日益强大，统一了北方大部分地区，其国君苻坚野心勃勃，意图南下，一统天下。公元383年，苻坚亲率大军八十余万，攻打东晋。东晋朝廷任命谢安为征讨大都督，谢石为大将，谢玄为先锋，统率八万精兵开赴前线迎敌。两军对峙于淝水（现今安徽省寿县的东南方）。
秦军前锋苻融攻占寿阳（今安徽寿县）后，苻坚亲自率领八千名骑兵抵达这座城池。他听信苻融的判断，认为晋兵不堪一击，只要他的后续大军一到，一定可大获全胜。于是，他派东晋降将朱序去向谢石劝降。朱序见到谢石后，报告了秦军的布防情况，并建议晋军在前秦后续大军未到达之前袭击洛涧（今安徽淮南东洛河）。谢石听从他的建议，出兵偷袭秦营，结果大胜。晋兵乘胜向寿阳进军。
苻坚得知洛涧兵败，晋兵正向寿阳而来，大惊失色，马上和苻融登上寿阳城头，亲自观察淝水对岸晋军动静。晋军阵容严整，将士精锐，令苻坚暗暗称赞。接着，苻坚又向北望去，那里横着八公山，山上有八座连绵起伏的峰峦，地势非常险要。晋军的大本营便驻扎在八公山下。随着一阵西北风呼啸而过，山上晃动的草木，就像无数士兵在运动。苻坚顿时面如土色，惊恐地回过头来对苻融说：“晋兵是一支劲敌，怎么能说它是弱兵呢？”
后来，苻坚中谢玄的计，下令将军队稍向后退，以便晋兵渡过淝水决战。然而，就在前秦军后撤之时，朱序趁机高呼：“秦军败了！秦军败了！”前秦军中的汉族士兵本不愿为前秦卖命，一听朱序喊叫，立即纷纷逃散。后方的士兵不明真相，也跟着逃跑。秦军自相践踏，溃不成军。谢安抓住战机，指挥东晋军奋勇渡河杀敌，大败秦军。
苻坚在逃跑途中，风声、鸟叫声以及草木的晃动都被他误以为是东晋追兵，这就是“风声鹤唳，草木皆兵”的典故。最终，这场战役以东晋的大胜而告终，不仅保住了国家的安全，也改变了历史的走向。
这个故事后来演变成了成语“草木皆兵”，用来形容人在极度惊恐时，稍微有些风吹草动，就紧张得不得了，疑神疑鬼。
