破的最后，初号机引发了第3次冲击，就在冲击开始的时候，一把朗枪飞了下来，初号机沉默，冲击终止……在众人惊异的目光中，由薰驾驶的6号机从天而降……
然后，老碇接到SEELE的通知：为了保护人类，防止第3次冲击（其实是因为和剧本不符），SEELE从月球派来6号机沉默初号机，并要求将初号机封存，迫于压力，老碇将钉着朗枪的初号机封存，不过暗中取出了插入拴
由于0号机被吞，初号机被封，2号机也差不多费废了，SEELE将6号机驻扎在NERV总部，同时派来8号机加强NERV的守备
加持预感自己死期将至，将胶囊交给美里，后被杀……
打开插入拴，丽的灵魂被放出，进入新的躯体——3代丽诞生，而真治失去形体变成LCL，不得已只好重新封好进行复原……
薰在不久后驾驶6号机潜入最终教条，8号机接受命令去拦截，在战斗中暴走……丽侵入最终教条，但什么也没有做……最终薰被8号机掐暴……
Ｑ完……
就目前看来，新剧场版体现了混蛋社的成长，所以有许多东西与TV版不同了，由此我们可以推测结局将会有较大改变了，最大的可能是渚熏会代替真嗣在TV中的角色来完成第三次冲击，再参考Re-take的剧情来看，明日香和真嗣的未来将可能左右世界的走向，另外，nerv将会和selle反目，独自完成人类补完计划。明日香的眼睛是被真嗣弄的，在傀儡驾驶初号机吃掉三号机的事件中瞎的。。。。但我想说，总比死了的好
目前没有详细剧情！电影都还未公映不可能有剧透只有预告里说的少量剧情明日香由于不能确定其是否收到使徒的污染被隔离 眼睛应该是被初号机分尸的时候留下的伤Q预告：还未取出丽与真嗣就被冻结的EVA初号机被废弃的要塞都市被幽禁的NERV人员 投放在主垂直沟的EVA6号机 蓄势待发的EVA8号机及其驾驶员 最终的集结 被命运联系在一起的少年们 渴望生存的人们的故事到底将何去何从？次回EVANGELION新剧场版:Q（Quickening)
在《破》里面，她驾驶的新机体，不是被初号机解体了吗？！嵌入舱也被咬断了。她的意识几乎被驱散，那她既然要“重生”，肯定是重伤喽，作品为了表现她重伤“重生”，当然就让她瞎了一只眼睛呗。
