小的直肠间质瘤一般无症状，较大的间质瘤可能出现大便习惯改变、局部压迫、梗阻、出血及转移等症状。
直径小于1cm的直肠间质瘤一般是没有症状的，据估计，约近1/3的病人被发现时，没有临床症状，多数是在作常规体格检查、内镜检查、影像学检查发现的。
当肿瘤体较大时，由于肿瘤占据相应空间或特殊位置，表现出一定的症状，无明显特异性。具体如下：
①部分患者可能出现大便习惯改变，部分患者次数增多，不成形或稀便，大便带血及黏液脓性便。有时表现为顽固性便秘，大便形状变细，是由肠腔狭窄所致。
②肿瘤较大堵塞肠道时可以出现肠梗阻症状，恶心、呕吐、腹痛、腹胀及停止排气、排便情况等。
③肿瘤压迫膀胱、尿道：患者出现相应的压迫症状，如压迫膀胱导致排尿困难、影响肾功能等。
④当瘤体较大时，也可出现瘤破裂出血或者黏膜溃疡穿透性出血，表现为便血、下消化道大出血、失血性休克等。
⑤患者可能出现腹痛、腹胀、食欲下降、乏力、消瘦等非特异症状。
⑥对于晚期直肠间质瘤来说，肿瘤可能会转移至肝脏、肺等部位，可能会出现肝脏功能损害、贫血、水肿及黄疸。而对于肺转移，可能会引起呼吸道相关症状。
