鲍曼不动杆菌如果引起感染，一般不会自愈，需要应用抗菌药物治疗。除非鲍曼不动杆菌检测出是定植菌，不是致病菌，这种情况可以不用抗菌素。但如果引起了疾病，一般需要应用抗菌药物来治疗，常用的抗菌药物包括碳青霉烯类的药物，包括美罗培南、亚胺培南。还有头孢类的药物，一般选择三代头孢。同时加上β-内酰胺酶抑制剂的药物，比如头孢哌酮钠加上舒巴坦钠。还有氨基糖苷类的药物，常选用阿米卡星，还有氟喹诺酮类的药物，可以选择环丙沙星和左氧氟沙星。还可以选用磷霉素钙片，但通常不能够单独使用，需要与其他的抗菌药物合用。还可以使用的药物有复方多粘菌素B软膏、替加环素，以及四环素类的药物，比如盐酸米诺环素。上述这些药物可以用来治疗鲍曼不动杆菌感染，但通常需要联合用药，因为鲍曼不动杆菌耐药现象非常严重，对于以上药品均出现了不同程度的耐药，一般需要进行细菌培养，同时做药物敏感试验，根据药物敏感试验的结果选择比较敏感的抗菌药物联合治疗。而且对于上述抗菌药物，各个地区以及各个病房耐药的现象也不完全相同，均需进行药敏试验后再采取药物治疗。
